Shinobi fue creado por SEGA en Japón, y distribuido por la misma compañía en noviembre de 1987.
Joe Musashi es un ninja de la era actual que lucha contra una organización criminal llamada Zeed.
Para rescatar a los niños ninja que han sido secuestrados, Joe tendrá que acabar con los cinco líderes de Zeed, y con todos los secuaces que encuentre en su camino hacia la base secreta de la organización.